藻場再生を行う場合、ウニ類や魚類といった食害生物の対策を行うことが必要です。 そのため、藻場再生を行う地点では、ウニ類の移植や駆除、植食性魚類の駆除が行われています。 ウニ類の場合、商品価値の低いウニ類は駆除しますが、商品価値の高いウニ類は駆除せずに移植を行うことで生息密度の調整を行います。 また、藻場再生を行うためには、藻場をつくって拡大させていくことが重要なため、食害生物が侵入しないようにネットやフェンスなどを張るなどの対策も行われています。 また、地域によっては、商品化できずに廃棄される海藻類を人為的に投与することで、ウニ類を藻場から遠ざけるということも行われています。